Velbevarede panelstuer fra renæssancen er meget sjældne, og den såkaldte Aalborgstue er da også en af museets største seværdigheder. Den er uden sammenligning landets bedst bevarede borgerlige interiør fra den tid. Lige siden værelset for ca. 100 år siden blev genopstillet i museet, har det været kaldt "aalborgstuen". Dette navn kunne måske give indtryk af, at stuen har haft en slags officiel status, men det er slet ikke tilfældet. I virkeligheden har mange af byens borgere haft tilsvarende stuer, og det er en tilfældighed, at det netop er dette rum, som er blevet bevaret til vore dage.

I 1897 overdrog Aalborg Håndværkerforening stuen til Aalborg Historiske Museum, som i de følgende år restaurerede dem og opstillede dem i det lokale, hvor de stadig står.

Stuen er oprindeligt bygget af købmand Niels Christensen i 1602. Til venstre ses en tegning af hans hus på hjørnet af Ved Stranden og Østerågade.